Nos anos 40, a degradação do meio ambiente no estado de Goiás já era um problema sério. As nossas matas estavam sendo devastadas e o uso indiscriminado de queimadas desnudava campos e esterilizava o solo. Em 1948, preocupado com os problemas ambientais, o governo do Estado de Goiás, naquele tempo governado por Jerônimo Coimbra Bueno, implantou o Serviço de Caça e Pesca, que foi inicialmente chefiado pelo sertanista Leolídio Caiado. O Serviço de Caça e Pesca era responsável por todos os assuntos relacionados à preservação do meio ambiente.

Em meados dos anos 70, o surpreendente crescimento das cidades, principalmente de Goiânia, ocasionou grandes problemas de abastecimento de água, de esgotos sanitários e de destinação de lixo. Além do crescimento desordenado das indústrias existentes, outro problema sério era a instalação das mesmas sem orientação técnica. Era necessário ter um órgão governamental que pudesse atuar com mais força.

Leolídio Caiado é convidado a retomar o comando do Serviço de Caça e Pesca em 1971, no governo de Leonino Caiado. Leolídio continuou na chefia do órgão até o governo de Irapuan Costa Júnior. Nesse governo, o órgão ganhou mais força e se tornou mais atuante. Foi elaborado um documento denominado de "Diretrizes Gerais e Setoriais da Ação", relatando as agressões ambientais em Goiás e propondo várias ações para preservar o meio ambiente. Entre essas propostas estava a criação de uma superintendência que pudesse executar uma política de proteção ao meio ambiente de Goiás, como condição de melhoria da qualidade de vida da população.

Em 1975, o governo do Estado de Goiás criou a Superintendência Estadual do Meio Ambiente de Goiás - Semago, através da Lei nº 7.928, de 21 de maio de 1975. Lei regulamentada mais tarde pelo Decreto nº 779, de 24 de dezembro de 1.975, que dispõe sobre sua estrutura e competência. Para gerir uma política de proteção ao meio ambiente, a Semago contava apenas com a Legislação Ambiental, que é uma coletânea de leis, decretos e portarias que visavam controlar a poluição e proteger os recursos naturais dos processos de degradação.

Cabia à Semago atuar, de preferência, mediante convênios com órgãos executivos federais, estaduais e municipais. O órgão também atuava através de contratos com empresas privadas, na realização de serviços, planejamento, controle e fiscalização, relacionados com a conservação do meio ambiente, em particular, no combate à poluição da água, e ao uso e exploração racional dos bens e recursos naturais. No âmbito de suas atribuições, a Semago deu prioridade aos estudos, proposições e ações relacionadas com o combate à poluição hídrica, com a ordenação territorial e urbana e com a defesa da fauna e flora em todo o território goiano.

Em 1983, Harlen Inácio dos Santos assumiu a superintendência da Semago. A partir desse período, com a ajuda de uma Legislação Ambiental bem elaborada, e com o reconhecimento do governo federal, o órgão ampliou sua estrutura física e pessoal. O quadro de servidores passou a ser formado por profissionais como engenheiros civis, florestais, químicos, agrônomos, sanitaristas, biólogos, bioquímicos, pedagogos, geógrafos, geólogos, técnicos em saneamento ambiental e em mineração, além dos servidores administrativos.

Em 1989, considerando o crescimento técnico-operacional, a Semago foi transformada em Fundação Estadual do Meio Ambiente - Femago. Com a mudança, o cargo de superintendente passou a ser denominado de diretor-presidente, ainda ocupado por Harlen Inácio.

A Femago se tornou um dos primeiros órgãos ambientais estruturados e consolidados do Brasil, com uma legislação de controle de poluição muito forte, criada em meados dos anos 70 e que vigora até hoje. A Femago criou projetos pioneiros na área ecológica como o Projeto Quelônios, que é hoje, um projeto modelo para outros estados do país.

O órgão também combateu com veemência os garimpos de ouro, que causavam grandes agressões ambientais. O garimpo foi uma atividade disseminada no estado e envolveu milhares de pessoas. Decidida a combater tal atividade, a Femago se uniu ao Ministério Público e outras entidades, conseguindo reverter a situação de degradação ambiental.

Foram colocados em prática, programas instituídos por decretos de modernização administrativa. Em particular, destaca-se o decreto que criou a participação do Cidadão em Defesa do Meio Ambiente, gerando instrumentos interessantes como o "Telefone Verde" e o "Vigilante Voluntário".

Em 1999, com as novas reformas administrativas do novo governo estadual, liderado por Marconi Perillo, extinguiu-se a Femago e a Metais de Goiás S.A - Metago, e criou-se a Agência Goiana de Meio Ambiente e Recursos Hídricos - Agência Ambiental de Goiás, através da Lei nº 13.550, de 11 de novembro daquele ano.